Dr. Boekhoudt heeft de opleiding tot Chirurg gevolgd aan de VU te Amsterdam en Het Medisch Centrum Alkmaar. De specialisatie tot Traumachirurg volgde hij hierna in het Radboud UMC in Nijmegen, waar hij ook lid was van het Mobiel Medisch Team

Hierna heeft hij praktijk gevoerd in Utrecht en Ede en in het Jeroen Bosch Ziekenhuis in Den Bosch.

Aandachtsgebied is Traumatologie met aandacht voor sport gerelateerde letsels in het bijzonder. Gedurende 5 jaar was hij medisch coördinator van Alpe Huzes, een meerdaags wielerevenement ten behoeve van KWF Kankerbestrijding.